愛德華滋在北安普敦出版的著作也反映出強烈的千禧年和預言興趣。在《救贖工作的歷史》中，這部作品最初是1739年的一系列講道，但直到他去世後才出版，愛德華滋將神學「以一種全新的方法」呈現，展示了上帝的工作是圍繞著上帝的聖經應許和聖靈澆灌時期所建構的歷史。《謙卑嘗試促進……非凡禱告》（1747年）是英美「禱告協奏」更大運動的一部分，也是對千禧年思想的重要貢獻。艾倫·海默特等學者已認識到這些作品在美國歷史上的重要性，特別是它們對革命意識形態的貢獻。這兩部作品都已在耶魯版（1989年）中出版。
1750年，愛德華滋試圖對其會眾實施更嚴格的聖禮入會資格，導致北安普敦教會將他解職。他擔心斯托達德實行的開放入會政策讓太多偽君子和不信者加入教會，因此與會眾、地區牧師和政治領袖捲入了一場激烈的爭議。他的解職常被視為殖民時期美國歷史的一個轉捩點，因為它標誌著對清教徒定居者所建立的舊「新英格蘭之道」的明確而最終的拒絕。
派翠西亞·特雷西在她對愛德華滋牧會期間北安普敦的研究中，將該鎮的社會和政治力量描述為當時正在重塑美國文化的更大經濟、社會和意識形態力量的反映。諷刺的是，這位最能預見現代美國知識形態的殖民神學家，也成為了它的第一個受害者。愛德華滋與這些力量的鬥爭記錄在許多手稿講道中，這些講道長期以來一直未能供學者查閱，並構成了《喬納森·愛德華滋全集》的核心部分。
從北安普敦，愛德華滋前往麻薩諸塞州西部邊境的斯托克布里奇宣教站，從1751年到1757年在此服事。他在這裡牧養一個小型英國會眾，向150個馬希坎和莫霍克家庭傳教，並撰寫了許多主要著作，包括那些處理「亞米念主義爭議」的作品。其中最重要的是《對現代盛行意志自由觀念的仔細而嚴格的探討……》（1754年），他在其中試圖證明意志是由靈魂中罪或恩典的傾向所決定的。
這本書是現代西方思想中最重要的著作之一，為接下來一個半世紀關於自由與決定論的哲學辯論設定了參數。在此期間還寫了《為原罪的偉大基督教教義辯護》（1758年），愛德華滋在其中主張所有人類因其在亞當裡的「構成性合一」而具有犯罪的自然傾向；以及兩部關於倫理學的重要論述，《真正的美德的本質》和《上帝創造世界的目的》（1765年）。自從它們在耶魯版中出版以來，後兩篇論文重新獲得了學術界的關注。
儘管斯托克布里奇為愛德華滋提供了一處避風港，但他無法避免公眾的關注。1757年末，他接受了新澤西學院（後來的普林斯頓大學）的校長職位。然而，他未能活著為該學院留下永久的印記。僅僅幾個月後，他於1758年3月22日因天花疫苗接種併發症去世。他安葬於普林斯頓公墓。
愛德華滋的聲譽在他去世後迅速增長。在十八世紀末和十九世紀初，他的著作被摘錄和重印，作為敵對福音派和自由派宗教學派之間論戰的武器。然而，在1840年代，喬治·班克羅夫特開始首次重新審視愛德華滋作為美國歷史上形成性人物的角色。班克羅夫特認為愛德華滋的著作決定了美國關於宗教心理學、道德能動性和社會倫理的辯論。
即使是那些像二十世紀初歷史學家弗農·帕林頓一樣，將愛德華滋貶為他那個時代的「偉大時代錯誤」的人，也不得不承認他卓越的才智和潛力。到本世紀中葉，鐘擺已擺向另一個極端。偉大的新正統神學家H·理查德·尼布爾指出喬納森·愛德華滋，以幫助震驚的世界理解第二次世界大戰的人類災難並恢復其道德方向。
佩里·米勒簡潔地宣稱愛德華滋是一位真正的「現代人」，事實上，他現代到當今時代尚未趕上他。今天，在二十世紀末，當美國學術界和整個國家都在重新發現宗教在我們國家形成中的作用，並努力解決宗教與社會問題時，喬納森·愛德華滋的名字仍然不斷被提及。
隨著愛德華滋在世代間被研究，他逐漸成為一個典型的「代表人物」，這並非通常意義上的，而是因為在某種深刻的意義上，他標誌著一個時代的頂峰，並預示著隨後的一個時代。儘管其他殖民時期的人物對他們那個時代產生了可比的影響，但沒有人，除了威廉·潘恩和班傑明·富蘭克林之外，能像愛德華滋那樣完全預見到美國文化隨後的形態，這種文化既物質又精神，既虔誠世俗又務實神聖。正是由於愛德華滋的殖民時代與不斷變化的美國「現在」的交匯，他在美國思想和文學中享有獨特的代表地位。
閱讀經典講道《憤怒上帝手中的罪人》